승마힐링센터는 2012년 인천과 시흥을 시작으로 2013년 대구에 개장하여 총 3개소가 운영 중이며, 마사회의 기부금으로 시설을 설치하고 전문기관에 위탁하여 운영되고 있다. ※위탁기관: (인천) 학교법인 성결신학원, (시흥) (사)연꽃마을, (대구) 대구시
그러나 새누리당 윤명희 의원(비례대표)이 한국마사회로부터 제출받은 자료에 의하면, 2012년 인천센터는 약 1억 5천만원의 적자를 기록했으며 시흥센터는 약 246만원의 흑자를 기록했으나 2012년 9월에 개장했다는 점을 고려하면 사실상 적자인 셈으로 드러났다.
승마힐링센터 수익 중 운영비로 지원된 마사회 기부금 15억을 제외한 뒤 손익계산을 해보면 인천센터만 해도 8억 이상의 손실이 추산되므로 적자 방지를 위해서 일반상담 등의 사업수입을 반드시 확대해야 하는 실정이다.
이에 대해 윤명희 의원은 "승마힐링센터가 마사회의 기부금에만 의존하지 말고 자체 사업수입의 증대를 위해 노력해야 한다."고 지적하는 한편, "재무구조 개선을 위해 적절한 인력배치를 하고, 지자체 보유 승마장을 이용하거나 승마장을 보유한 법인에게 위탁을 주는 등의 적극적인 대책도 마련해야 한다."고 주장했다.